Αντίθετες στα δικαιώματα στην ιδιωτική ζωή και στην ελευθερία τού συνεταιρίζεσθαι κρίνει το Συμβούλιο της Ευρώπης τις διατάξεις της κυβέρνησης για το μητρώο των Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων.
Μη συμβατές με τα ευρωπαϊκά πρότυπα θεωρούνται οι ελληνικές ρυθμίσεις περί «μητρώου μη κυβερνητικών οργανώσεων» που υποστηρίζουν πρόσφυγες και μετανάστες από το Συμβούλιο της Ευρώπης.
Το νέο ράπισμα στις μεθόδους αντιμετώπισης της προσφυγικής κρίσης που μετέρχεται η ελληνική κυβέρνηση έρχεται από το Συμβούλιο Εμπειρογνωμόνων για το δίκαιο των μη κυβερνητικών οργανώσεων (Expert Council on NGO Law) του Συμβουλίου της Ευρώπης. Γνωμοδότηση που δημοσίευσε στις 2 Ιουλίου 2020 καταλήγει ότι διατάξεις που περιλαμβάνονται στις πρόσφατες νομοθετικές ρυθμίσεις για τη σύσταση μητρώου οργανώσεων που δραστηριοποιούνται στο προσφυγικό δεν είναι συμβατές με τα πρότυπα για την προστασία των δικαιωμάτων του ανθρώπου και συστήνει στις ελληνικές αρχές την «ουσιαστική αναθεώρηση» της Υπουργικής Απόφασης προκειμένου «να ευθυγραμμιστεί με τα ευρωπαϊκά πρότυπα».
Το Συμβούλιο Εμπειρογνωμόνων υπογραμμίζει ότι οι προϋποθέσεις εγγραφής των οργανώσεων στο μητρώο του υπουργείου Μετανάστευσης και Ασύλου είναι ασαφείς και υπέρμετρα ευρείες, δημιουργώντας έτσι ασάφεια δικαίου και κίνδυνο αυθαίρετης εφαρμογής, καθώς και δυσανάλογο αποκλεισμό μεγάλου αριθμού οργανώσεων.
Προσθέτει, δε, ότι οι επαχθείς υποχρεώσεις προς τις οργανώσεις να δίνουν προσωπικά δεδομένα φυσικών προσώπων, έρχεται σε αντίθεση με το δικαίωμα στην ιδιωτική ζωή, ότι επιβάλλεται διακριτική μεταχείριση μιας συγκεκριμένης κατηγορίας οργανώσεων και ότι παραβιάζονται βασικές εγγυήσεις της δίκαιης δίκης με την εισαγωγή αυτόματης αναστολής ή ανάκλησης της εγγραφής ή/και πιστοποίησης οργανώσεων, χωρίς να τους δίνεται η δυνατότητα προσφυγής κατά των σχετικών αποφάσεων του υπουργείου.
Το Συμβούλιο καταλήγει στο συμπέρασμα ότι οι επαχθείς, πολύπλοκες, χρονοβόρες και δαπανηρές προϋποθέσεις που επιβάλλονται για την εγγραφή των οργανώσεων και των μελών τους εγείρουν ζητήματα παραβίασης των δικαιωμάτων στην ιδιωτική ζωή και στην ελευθερία του συνεταιρίζεσθαι, ενώ εκτιμά ότι οι ρυθμίσεις πρόκειται να επιφέρουν σημαντική αποδυνάμωση (chilling effect) στη δράση της κοινωνίας των πολιτών.
Υπενθυμίζει ακόμα ότι μόλις τρεις εβδομάδες πριν, το Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ενωσης (ΔΕΕ) έκρινε αρνητικά την ανάλογη ουγγρική νομοθεσία της ακροδεξιάς κυβέρνησης Ορμπαν.
Οι οργανώσεις Ελληνικό Συμβούλιο για τους Πρόσφυγες, HIAS Ελλάδος και Υποστήριξη Προσφύγων στο Αιγαίο (RSA) κατέθεσαν στις 9 Ιουνίου 2020 αναφορά στον Συνήγορο του Πολίτη όπως προβεί στις απαραίτητες ενέργειες για τη διασφάλιση των θεμελιωδών δικαιωμάτων των οργανώσεων της κοινωνίας των πολιτών και των μελών τους, σύμφωνα με τις αρχές που διέπουν ένα κράτος δικαίου.